Para el estudio del endotelio corneal es imprescindible el uso del microscopio endotelial, este equipo diagnóstico para Oftalmología consigue imágenes muy exactas de las células endoteliales de la córnea, en tamaño, número y forma para poder diagnosticar enfermedades que afectan al endotelio corneal como la córnea gutatta o para poder realizar el estudio preoperatorio necesario para el uso de lentes intraoculares tales como la ICL para la corrección de miopía, astigmatismo o hipermetropía en casos no candidatos a cirugía ocular láser.

Es también muy útil el estudio del endotelio corneal en pacientes que van a ser sometidos a cirugía de cataratas, pues en la cirugía de catarata el endotelio corneal suele sufrir por la manipulación intraocular, observándose una disminución de número de células endoteliales, de este modo podemos identificar a los pacientes con una endotelio corneal más débil, y programar una cirugía especial y personalizada disminuyendo la tasa de sufrimiento endotelial de la córnea de estos pacientes y evitando la aparición de un edema corneal por fracaso endotelial tras la cirugía de catarata.